这一时期的蔡元培，对自己的人生进行了全新的思考，认识到：故纸堆再也找不到出路，先前所通行的考据、🛲☱训诂⛴做学问的路子，根本无法解决现实的问题。
长期传统教育熏陶出的对家国天下的责任感和使命感，使蔡元培不愿再埋头于经史子集这些给他带🎩📴来功名荣耀的经典。他把头抬了起来，放眼四望。他想扩展自己的知识面，向西方先进国家学习治理经验，发掘救国救民🅱的方略，寻找世界观、方法论上的支撑点。
进入翰林院之前，蔡元培只是一个典🚺😜🂑型的忠孝节义式的传统知识分子，但国家的惊天之祸袭来，蔡元培的意识开始转变了。
对蔡元培来说，这一年是洗脑的一年，是浴火重生的一年。如同他自己所说：“少酖举🃯业，长溺文词，经沽史法，亦窥藩篱，生三十年，始知不🙻足”，“未尝不痛恨于前二十年之迷惑而闻道之晚”，决意“迷途回车，奚翅炳烛”，“他简直像获得了精神上的新生”。
18🌙⛆😋96年12月，蔡元🚫🖙📅培自陆路乘马车回京销假。
1897年的北京，喧嚣着改良的思潮，《时务报》、《新闻报》等连篇累牍的倡扬变法，粤学会、蜀学会、闽学会🚢🕄等在京的各省人士，纷纷发起成立维新团体。很快，公车上书的领军、维新运动的领袖康有为再次🐀☛来京，多次上书要求变法；标志着这场维新🕧运动，正在从思想酝酿转变为付诸行动。
毫无疑问，蔡元培在思想上是属于维新派。只是，他已经过了特别容易头脑发热的青葱年岁。一个饱学经史又接触涉猎了大⛲🞓量近代科学知识的人，对任何事情都是不会盲从的，都要经过一个独🅧🈸立思考的过程，想一想是否真有道理，是否行得通。
但是，如果仔细观察，还🚫🖙📅是能发现蔡元培有了特别大的变化。他的北京寓所书房中🗝悬挂着十个大字：“都无做官意，惟有读书声。”
一个刚刚入仕的翰林，已经把功名和利禄放到🀷🁘🆀一边了，此时的蔡元培所热衷的事，是要在知识领域🎩📴寻找新的天地，为民族的出路找到根本的解决之道。
这段时间，他在仔细研习了《适可斋纪言》四🀷🁘🆀卷，在心得中写道：“其人🞈于西学极深，论铁道，论海军，论外交，皆提纲挈领。批卻导窾，异乎沾沾然芥拾陈言，毛举细故以自鸣者。”
他还通览了驻🍁🅅英📥🜼公使馆参赞宋育仁撰写的《采风记》五卷，认为“其宗旨，以西政善者都暗含中国古制，遂欲以古制补其未备，以附于一变主道之谊，真通人之论”🖶
与一些慷慨陈词高喊变革的人们不同，蔡元培是在探🚇索改什么，如何去改。表达了他在为改良运动思想探⚑🐫源。
他欣赏对于西学进行融会贯通后做出深刻阐释，鄙薄浅尝辙止的浮泛👫议论。同样，和有些了解🁷🐟了一点西学就把自己祖国的传统文化说得一无是处的人不同，蔡元培从接触西学之初，就努力在把中西文化相比附相攀援，而不是一定处于相互对立之中。这样的思想风格，对他的一生产生了重大影响。
这一年的初夏，蔡夫人王昭携幼子来🚺😜🂑京，蔡元培于是搬出会馆，在“方略馆”暂居一段时🈑♐间后，带着💔👡家眷搬入绳匠胡同的一个寓所。
与家人在一起生活总是幸福和快乐，🚺😜🂑也使得他在京的生活更为安定。每天能抽出时间，和自己的宝贝儿子玩耍，体会到为人之父的天伦，让他的人生更加丰富多彩。
有闲暇😍时间，他也会带着妻小，到京城一些名胜古迹游玩。很多地方其实他此前一个人也未曾去过，比如潭柘寺。早就听说先有潭柘寺，后有北京城的说法，他倒可以趁此机会考证一番。
然而，国事却不停的打破他平静的生活。
这一年的11🍁🅅月，发生了德国传教士在山东被杀，德国派兵🖔💘💄强占山东胶州湾的事件。